Sin dagli inizi, la musica ecclesiastica occupava un posto centrale nelle attività svolte nella chiesa di San Michele. Di fronte al presbiterio venne installata, dalla parte interiore della facciata, la cantoria per accogliere l’organo, il coro dei cantori e l’orchestra dei musicisti, in modo simile a quanto già fatto nelle chiese gesuitiche di Landsberg, Innsbruck, Ingolstadt ed Augusta; si trattava di una vera novità nell’architettura delle chiese. Prima i cantori avevano il loro posto nel coro oppure sulla tribuna all’ingresso del presbiterio. Nel Seicento, la musica nelle chiese subì l’influsso da parte della musica di corte.
Il musicista più significativo attivo nella chiesa di San Michele fu certamente Joseph Gabriel Rheinberger – fu attivo come organista per alcuni anni e progettò ugualmente la costruzione del organo nuovo, realizzata nel 1896 da Franz Maerz e finanziata in misura consistente da una donazione testamentaria di Franziska Rheinberger, moglie dello stesso musicista, deceduta nel 1892. Questo organo fu però distrutto durante i bombardamenti della Seconda Guerra Mondiale. La ricostruzione della chiesa si prolungò fin agli anni ottanta; nel 1966 e nel 1982/83 vennero installati nuovi organi. Lo strumento attualmente presente su questa cantoria è il settimo, inaugurato nel 2011, opera della ditta Rieger (Vorarlberg/Austria). Si conservò il prospetto realizzato dal Frate Johann Hörmann nel Seicento e si riutilizzò la maggior parte delle canne che facevano parte dell’organo di Sandtner del 1982/83. L’intero organo precedente fu riorganizzato e ampliato di un recitativo in stile romantico-tedesco, collocato sul matroneo laterale di sinistra. Il nuovo assetto dell’organo permette, ad alto livello stilistico, l’esecuzione di uno spettro amplissimo di musica per organo e fornisce un punto di partenza ideale per impegnative improvvisazioni.
