Az egyházi zene kezdettől fogva kitüntetett szerepet játszott a Szent Mihály templomban. A szentéllyel szemben, a homlokzat belső oldalán építették meg a karzatot az orgona, a kórus és a zenészek számára, hasonlóan az Innsbruckban, Ingolstadtban, Landsbergben és Augsburgban található jezsuita templomokhoz. Mindez a templomépítészetben újdonságnak számított. Korábban az énekeseket a szentélyben vagy a szentélyhez közeli emelvényeken állították fel. Ekkor már az udvari zene nagy befolyást gyakorolt az egyházi zenére is.
A legjelentősebb zenész, aki a jezsuita templomban valaha dolgozott, minden bizonnyal az a Joseph Gabriel Rheinberger volt, aki néhány évig az orgonistaként működött, továbbá ő tervezte meg az orgona újjáépítését. A munkálatokat 1896-ban Franz Maerz végezhette el, az 1892-ben elhunyt Franziska Rheinberger hagyatékénak köszönhetően. Ez az orgona azonban 1944-ben bombatámadás áldozata lett. A templom újraépítése a 1980-as évekig húzódott, 1966-ban illetve 1982/83-ban pedig új orgonát állítottak fel. A Szent Mihály templom mai orgonáját a vorarlbergi (osztrák) Rieger cég alakítottá át 2011-ben, és egy redőnyművel egészítette ki, amit az oldalsó karzaton helyeztek el. Ettől eltekintve érintetlenül hagyták a Johann Hörmann jezsuita testvér által készített 17. századi orgona síprendszerének homlokrészét, és az 1982/83-as Sandtner orgona sípjainak többségét is újra felhasználták. Az új hangszer az orgonára írt művek széles skálájának bemutatását teszi lehetővé.
