Desde sus inicios, el fomento de la música sacra estuvo entre las prioridades de esta iglesia. Al lado opuesto del coro, en el lado interno de la fachada, se instaló una galería reservada para el órgano, los cantores y los músicos; de modo parecido a las iglesias jesuíticas de Innsbruck, Ingolstadt, Landsberg y Augsburgo. Se trató de una novedad en la arquitectura religiosa, ya que antes los cantores se situaban en el mismo coro o en tribunas especiales a la entrada del coro. Así, bajo la influencia de la música cortesana, la música fue incorporada a la iglesia.
El músico más significativo entre los que pasaron por San Miguel fue ciertamente Joseph Gabriel Rheinberger, quien trabajó aquí por algunos años como organista y proyectó la reconstrucción del órgano en 1896. Esta labor fue realizada por Franz Maerz gracias a una herencia proveniente de Franziska Rheinberger, esposa del organista y fallecida en 1892. Sin embargo, este órgano fue víctima de un bombardeo durante la Segunda Guerra Mundial. La reconstrucción del templo se extendió hasta los años ochenta; en 1966 y 1982/83 se instalaron nuevos órganos. El órgano actual es el séptimo de los colocados en esta galería. Es una obra de la empresa Rieger (Vorarlberg/Austria), inaugurada en 2011. El órgano conserva el prospecto fabricado por el hermano jesuita Johann Hörmann en el siglo XVII, reutilizando asimismo la mayor parte de los tubos que pertenecieron al órgano de Sandtner (1982/83). El órgano precedente fue reorganizado en su conjunto y extendido por medio de una expresión de estilo romántico-alemán, instalada en la galería lateral izquierda. La nueva organización del instrumento permite la interpretación, fiel a cada estilo, de un repertorio bastante amplio de obras musicales para órgano, y ofrece una base ideal para improvisaciones exigentes.
