Los dos altares que flanquean por derecha e izquierda la entrada al coro están dedicados a dos miembros del grupo fundador de la Compañía de Jesús: San Ignacio de Loyola (a la izquierda) y su amigo San Francisco Javier (a la derecha). Ambos fueron canonizados en 1622, y a solo dos años de ello se les dedicó estos altares en la Iglesia de San Miguel.
San Francisco Javier es uno de los misioneros más significativos en la historia de la Iglesia. Fue enviado inicialmente a la India, de donde continuó su camino hasta el Japón. Murió en 1552 en la isla de Sancián, a puertas de la China, país caracterizado en aquella época por su gran hermetismo. Francisco Javier está entre los primeros que conocieron y reconocieron la civilización y la religiosidad – altamente desarrolladas – de los pueblos de Extremo Oriente; contribuyó notablemente a suscitar en Europa interés por la India, el Japón y la China.
