Von Anfang an war die Pflege der Kirchenmusik ein besonderes Anliegen in St. Michael. Gegenüber dem Altarraum war an der Innenseite der Fassade eine eigene Empore für die Orgel, den Sängerchor und die Instrumentalisten errichtet worden, ähnlich den Jesuitenkirchen in Innsbruck, Ingolstadt, Landsberg und Augsburg. Das war eine Neuerung im Kirchenbau. Zuvor hatten die Sänger ihren Platz im Chor oder auf Sängertribünen am Eingang des Chorraumes. Nun geriet auch die Musik in der Kirche unter den Einfluss der höfischen Musik.
Der bedeutendste Musiker, der an der Jesuitenkirche wirkte, war sicherlich Joseph Gabriel Rheinberger – er amtierte einige Jahre als Organist und konzipierte außerdem den 1896er Orgelneubau durch Franz Maerz, der durch eine testamentarische Zuwendung von Rheinbergers 1892 verstorbener Frau Franziska ermöglicht wurde. Diese Orgel fiel allerdings 1944 einem Bombenangriff zum Opfer. Die Wiederaufbauarbeiten an der Kirche zogen sich bis in die 1980er Jahre hin, und 1966 sowie 1982/83 entstanden abermals neue Orgeln. Heute steht die siebte Orgel auf dieser Empore, ein Werk der Orgelbaufirma Rieger aus Vorarlberg (Österreich), welches 2011 seiner Bestimmung übergeben werden konnte. Hierbei wurde der Prospekt von Bruder Hörmann SJ aus dem 17. Jahrhundert beibehalten und ein Großteil des Pfeifenmaterials der Sandtner-Orgel (1982/83) wiederverwendet. Die gesamte Vorgängerorgel wurde reorganisiert und um ein deutsch-romantisches Schwellwerk auf der ersten Seitenempore links erweitert. Das neue Orgelwerk ermöglicht eine stilgerechte Interpretation eines sehr breiten Spektrums an Orgelmusik und liefert eine ideale Ausgangsbasis für anspruchsvolle Improvisationen.
