Od samog početka se njegovanju crkvene glazbe posvetila osobita pažnja u crkvi Sv. Mihovila.
Nasuprot oltarnog prostora, s unutarnje strane fasade, bio je sagrađen jedan poseban kor za orgulje, za pjevački zbor i za instrumentaliste, slično isusovačkim crkvama u Innsbrucku, Ingolstadtu, Landsbergu i Augsburgu. To je bila novina u gradnji crkava. Prije toga su pjevači imali svoje mjesto na koru ili na tribini za pjevače kod ulaza na kor. Sad je i glazba u crkvi dospjela pod utjecaj dvorske glazbe.
Najznačajniji glazbenik koji je djelovao u isusovačkoj crkvi bio je zasigurno Joseph Gabriel Rheinberger. Službovao je nekoliko godina kao orguljaš i koncipirao je uz to gradnju novih orgulja po Franzu Maerzu 1896. g. To je bilo omogućeno kroz oporučnu dotaciju Rheinbergerove žene Franziske koja je preminula 1892. g. Ove orgulje su međutim postale žrtva bombaškog napada 1944. g. Radovi na obnovi crkve otegli su se sve do 1980.-tih godina. 1966. g. kao i 1982./83. ponovno su sagrađene nove orgulje.
Današnje orgulje u crkvi Sv. Mihovila preuređene su 2011. g. od orguljaške firme Rieger iz Vorarlberga/ Austrija i proširene su za jedan manual smješten na pokrajnoj galeriji. Osim toga, očuvano je pročelje orgulja od časnog brata Johanna Hörmanna iz 17. st. a i velik dio materijala od svirala Sandtnerovih orgulja (1982./83.) ponovno je upotrijebljen. Nova kompozicija orgulja omogućuje stilski ispravnu interpretaciju veoma širokog spektra orguljske glazbe.
